Die Arbeit des Planungsteams und der beauftragten Gutachter mündet in einen Genehmigungsantrag für das Vorhaben. Bei diesem Antrag handelt es sich um ein umfangreiches Dokument. Er enthält die gesamte technische Detailplanung des Ausbaus, darüber hinaus eine umfassende Umweltverträglichkeitsuntersuchung sowie einen Landschaftspflegerischen Begleitplan, der ökologische Ausgleichsmaßnahmen darstellt.

Diesen Antrag haben die Wasser- und Schifffahrtsverwaltung des Bundes und die Hamburg Port Authority bei den Genehmigungsbehörden eingereicht und damit den Beginn des Planfeststellungsverfahrens beantragt. Dieses Verfahren beinhaltet besonders umfangreiche und strenge Prüfschritte und ist speziell für große Infrastrukturprojekte mit weitreichenden Wirkungen vorgesehen. Im Unterschied etwa zur Genehmigung industrieller Anlagen sieht es auch eine eingehende Diskussion des Maßnahmenbedarfs vor.

Da der Bund und Hamburg für jeweils bestimmte Strecken der Elbe zuständig sind, müssen zwei Planfeststellungsverfahren bei zwei verschiedenen Planfeststellungsbehörden durchgeführt werden.

Der Antrag für die Fahrrinnenanpassung besteht aus einer großen Anzahl von Aktenordnern, gefüllt mit Erläuterungen, Gutachten, Tabellen und Planzeichnungen. Alle diese Ordner werden an von der Planung betroffene Behörden sowie an Naturschutzverbände zur Stellungnahme übersandt.

Für die Bürgerbeteiligung gibt es ein dreistufiges Verfahren, wobei jede der drei Stufen öffentlich bekannt gemacht wird (z.B. in den Tageszeitungen).

Auslegung der Unterlagen

Zunächst werden die Antragsunterlagen einen Monat lang in rund 60 behördlichen Dienststellen der Unterelberegion öffentlich ausgelegt, damit sich jeder über die geplanten Maßnahmen informieren kann. Alle, die ihre Belange berührt sehen, können in dieser Zeit und bis zwei Wochen nach Ende der Auslegung Einwendungen erheben, und zwar entweder schriftlich oder mündlich zur Niederschrift.

Danach können die Planfeststellungsbehörden Anhörungstermine mit den Einwendern und den Vorhabenträgern durchführen, auf denen die Einwendungen mit dem Ziel einer Einigung erörtert werden. Die Planfeststellungsbehörden prüfen dann die Einwendungen, über die keine Einigung erzielt werden konnte. Sie berücksichtigen diese Einwendungen unter Abwägung aller öffentlichen und privaten Belange und Interessen. Solche Anhörungstermine wurden im Jahre 2009 durchgeführt.

Planfeststellungsbeschluss

Zum Abschluss des Verfahrens fällen die Genehmigungsbehörden einen Planfeststellungsbeschluss. Dieser wird den Landesregierungen Niedersachsens, Schleswig-Holsteins und Hamburgs zur Erteilung des Einvernehmens vorgelegt. Ist dieser Plan unter Berücksichtigung der in der Anhörung diskutierten Punkte genehmigt, wird er erneut zwei Wochen öffentlich ausgelegt. Der Plan ist bestandskräftig, wenn innerhalb eines Monats nach Ende der Auslegungsfrist niemand Klage erhebt. Der Ausbau wird dann nach den Vorgaben des Planfeststellungsbeschlusses vorgenommen.